Un simple tweet, et tout le petit monde de la microbiologie s’en est trouvé en ébullition. Il y a quelques jours, Dario Amodei, le patron d’Anthropic, a annoncé sur X que son modèle Claude avait découvert « une nouvelle machine moléculaire », qui pourrait potentiellement représenter « un nouveau mécanisme d’édition génétique ». Mais cette arrivée tonitruante de l’entreprise d’intelligence artificielle dans l’univers des sciences de la vie a vite suscité un net agacement parmi les experts du domaine. Certains ont d’abord dénoncé un coup de communication. Puis, très vite, sont arrivées les questions sur de possibles réutilisations de données de (vrais) chercheurs qui recouraient à Claude pour leurs travaux. A l’Institut Pasteur, Aude Bernheim, grande spécialiste de l’immunité bactérienne et de l’édition du génome, et Ernest Mordret, expert des outils d’IA appliqués à la recherche en génétique, suivent de très près ces discussions. Ils ont accepté de décrypter pour L’Express la portée réelle des annonces d’Anthropic – et leurs conséquences déjà bien concrètes dans l’univers de la recherche biomédicale. Entretien.
L’Express : Pensez-vous que le modèle d’IA Claude a peut-être découvert un nouveau mécanisme d’édition du génome, comme le clame Dario Amodei, le dirigeant d’Anthropic ?
Aude Bernheim : Il faut tempérer ces propos. Mon avis d’experte du domaine, c’est que cette « découverte » ne pourra pas servir d’outil d’édition du génome. Pour le moment, en tout cas, rien ne permet de l’affirmer. Mais avant d’en arriver là, il faut que vos lecteurs comprennent bien la réalité de ce qu’Anthropic a fait – et pourquoi il y a surtout beaucoup de communication derrière ces annonces.
Pour rappel, en 2012, la Française Emmanuelle Charpentier et l’Américaine Jennifer Doudna ont montré que les systèmes Crispr-Cas – qui sont des mécanismes de défense immunitaire des bactéries – pouvaient servir à modifier le génome, un peu comme si on changeait les lettres d’un texte. Cela leur a valu le prix Nobel. Depuis, beaucoup d’autres scientifiques ont cherché des outils similaires, qui pourraient aussi, d’une façon ou d’une autre, permettre de modifier l’ADN. Pour cela, ils utilisent de grandes bases de données génomiques, dans lesquelles ils vont partir en quête de nouvelles familles de protéines potentiellement intéressantes – on parle dans notre jargon de « genome mining ».
Tous les ans, des centaines de scientifiques spécialistes du secteur se retrouvent pour une conférence aux Etats-Unis, et de nombreuses équipes arrivent avec de nouveaux mécanismes d’édition génomique. C’est un champ de recherche extrêmement actif, car à chaque fois, on peut breveter ces découvertes, qui vont potentiellement avoir des applications en biologie ou en médecine. Le domaine est d’autant plus foisonnant que la quantité de génomes bactériens à explorer est gigantesque. Cela signifie qu’identifier des familles de protéines avec des fonctions inconnues, c’est en réalité assez facile. Ce qui est beaucoup plus difficile, c’est de déterminer ensuite leur rôle, et donc leur utilité potentielle. Et pour l’instant, Anthropic, justement, ne dit pas à quoi sert sa découverte. La seule chose qui paraît vraiment nouvelle à ce stade, c’est qu’une partie du travail de recherche a été déléguée à des agents IA.
Une partie seulement ?
A.B. : Oui, même là, je ne suis pas sûre que le processus ait été entièrement automatisé. Il s’agit d’une question importante pour les experts du domaine, mais il semble qu’en réalité, ce sont les chercheurs d’Anthropic qui ont indiqué à l’IA à quelle famille de molécule elle devait s’intéresser…
Ernest Mordret : La grande nouveauté, c’est quand même l’utilisation d’agents IA pour ce type de travaux. Cela ne s’était jamais fait jusqu’ici. Ces modèles semblent avoir la capacité de lire l’ADN, et d’y repérer des informations intéressantes. En l’occurrence des séquences de nucléotides – l’équivalent de mots dans un texte, pour filer la métaphore de l’édition – qui se répètent à différents endroits du génome. Un humain a du mal à les voir, c’est un exercice assez difficile. Il semblerait que Claude Mythos, un des modèles de pointe d’Anthropic, en soit capable. C’est étonnant, car l’IA n’a a priori pas été programmée pour cette tâche. Ensuite, parmi tous les morceaux d’ADN identifiés par la machine, il semble que ce soit encore un agent IA qui ait fait une présélection des plus intéressants, mais sous contrôle des chercheurs. Donc cela reste encore un peu une danse entre les humains et l’IA.
A.B. : Exactement, on est toujours dans de la co-construction. Anthropic suggère qu’une grande partie du travail a été faite par son modèle Claude, mais je pense qu’il ne faut pas sous-estimer le rôle joué par l’humain. Il n’en demeure pas moins que leur outil paraît vraiment puissant et intéressant, car générer des données préliminaires et les trier selon leur intérêt est un exercice fastidieux. Déléguer certaines de ces tâches à des agents pourrait nous faire gagner du temps.
Mais au-delà, toute la question est donc de comprendre l’utilité potentielle de ce nouveau mécanisme moléculaire identifié par Anthropic ?
A.B. : Tout à fait. Cela suppose de retourner au laboratoire, sur la paillasse, et de conduire des expériences. A ce stade, Anthropic n’a pas démontré que les molécules évoquées produisent une activité biochimique particulière. Surtout, le lien avec l’édition du génome n’est pas établi. Le système décrit ne ressemble pas dans les détails à un Crispr, et à ce stade les données communiquées par Anthropic ne laissent pas penser que cela pourrait servir à éditer de l’ADN. De nombreuses questions restent en suspens autour de ce point.
Dans ces conditions, quel est l’apport réel de leur travail ?
A.B. : C’est là que le sujet devient à la fois vraiment technique, et surtout très polémique. La famille de protéines qu’ils ont trouvée ressemble, au vu des données communiquées, à des « rétrons ». Chez les bactéries, les « rétrons » produisent une molécule particulière, un mélange d’ADN et d’ARN, qui leur permettent de se défendre contre les virus. Actuellement, de nombreux laboratoires dans le monde travaillent sur ce type de machinerie moléculaire. Parmi eux, un collègue espagnol travaillant au Danemark, Mario Mestre, qui mène des recherches de pointe dans ce domaine depuis des années. Depuis au moins un an, il travaille précisément sur la famille de protéines évoquée par Anthropic. Ce chercheur a développé plusieurs outils bio-informatiques dans ce but. Et il y a quelques jours, il a expliqué au New York Times qu’il utilisait Claude pour ses travaux… Par conséquent, il s’interroge, et toute notre communauté de spécialistes avec lui : Claude a-t-il pu réutiliser ses données d’une façon ou d’une autre ?
E.M. : Evidemment, personne ne peut le savoir, et les coïncidences existent. Anthropic assure que ce n’est pas le cas, mais c’est invérifiable. Et là où c’est un peu ennuyeux, c’est que cela fait écho à ce qu’il s’est passé au début du mois dans le champ des mathématiques, avec la résolution de l’équation de Navier-Stokes par un modèle développé par OpenAI, le concurrent d’Anthropic. Là aussi, des mathématiciens utilisaient justement les outils d’OpenAI pour des travaux très similaires. Depuis, nous sommes tous un peu sur nos gardes…
Si vous utilisez Claude, cela a dû vous refroidir…
E.M. : A l’Institut Pasteur, nous sommes conscients de ces sujets de souveraineté des données. Nous maintenons une vigilance sur cette question et faisons au mieux pour sélectionner les modèles à utiliser dans nos activités de recherche. Des efforts significatifs sont engagés actuellement en interne pour concevoir et développer des outils répondant à ces enjeux.
A.B. : Nous faisons attention, mais de nombreuses sociétés de biotechnologies et de laboratoires qui font du « genome mining » s’inquiètent, car beaucoup utilisent Claude pour leurs recherches. J’imagine que la plupart se sont mis en quête de solutions pour sécuriser leurs données.
Il n’empêche, Anthropic a fait là une arrivée tonitruante dans le champ de la biologie. Pourquoi cet intérêt soudain pour mener lui-même des recherches dans ce domaine, plutôt que de proposer ses modèles aux spécialistes ?
E.M. : Cela ressemble quand même à une opération de communication, pour prouver qu’ils pourront jouer un rôle ici aussi, et faire monter leur valorisation avant leur introduction en Bourse.
A.B. : Il faut bien voir qu’ils ont démarré leur laboratoire au printemps dernier. Il existe très peu de domaines en biologie dans lesquels on est capable de fournir des résultats en moins de six mois, et celui de l’édition du génome en fait partie. Ils ont dû se dire qu’ils pourraient très vite communiquer sur une réussite. Et c’est d’autant plus intéressant pour eux qu’aujourd’hui beaucoup de gens ont déjà entendu parler de Crispr. Le sujet est à la mode !
Mais Anthropic n’est pas le seul à multiplier les communications exagérées. Cet été, on a beaucoup parlé de virus fabriqués par IA. Il s’agit de virus de bactéries n’infectant pas les humains. Ici, nous avons échangé avec les équipes à l’origine de cette publication, et moi j’ai surtout été frappée par un fait biologique fascinant qu’ils observent : ils ont généré plein de génomes viraux, mais les seuls qui paraissent fonctionnels s’avèrent très proches de virus déjà connus. Cela souligne les limites des approches synthétiques : pour le moment, elles ne permettent de générer que des variants de virus connus, ce qui pourrait tempérer la notion de « virus synthétiques ».
Pourtant, ces annonces ont suscité beaucoup de craintes…
A.B. : Tous ces laboratoires, y compris les grands noms de l’IA, communiquent sur ce que l’IA pourrait apporter dans la recherche en biologie tout en en soulignant aussi les risques. Pour le moment, la capacité des IA à synthétiser des virus nouveaux qui se traduiraient à la paillasse est encore faible. Cela ne veut pas dire qu’il ne faut pas poser des cadres, surveiller ces recherches. C’est essentiel. Mais à force de crier au loup, tous ces acteurs vont surtout réussir à fédérer la société contre eux et contre l’usage de l’intelligence artificielle en biologie, alors qu’incontestablement, cela va nous permettre de faire des découvertes incroyables. Il faut promouvoir une recherche responsable et régulée.
E.M. : En même temps, il ne faut pas trop minimiser l’arrivée d’Anthropic sur ce marché, car ils ont réussi à faire des recrutements très stratégiques. Avec notamment John Jumper, le premier auteur d’AlphaFold, cet outil d’IA capable de prédire les formes et le repliement des protéines, récompensé par le prix Nobel en 2022. Il est tout à fait possible qu’après ces premières annonces d’une portée effectivement limitée, ils arrivent avec de vraies découvertes, car ils disposent de ressources gigantesques.
Source link : https://www.lexpress.fr/sciences-sante/anthropic-a-t-il-vraiment-decouvert-un-nouvel-outil-dedition-genetique-les-doutes-de-deux-chercheurs-WFF4JCEWCZFBXMJ43WOA42RT4A/
Author : Stéphanie Benz
Publish date : 2026-10-01 15:55:00
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