Un sacré trou dans la trésorerie. Quand il regarde ses comptes, Antoine (le prénom a été changé) tente de ne pas désespérer. Patron d’une PME du secteur de la défense, il fait face en cette fin janvier 2026 à une équation compliquée. D’un côté, un impayé de l’Etat, pour des commandes de matériels livrés à l’Ukraine. « Un million d’euros, gelés depuis le 12 décembre à cause du blocage autour du budget », raconte-t-il. De l’autre, un « redressement » fiscal après un contrôle lié au crédit d’impôt recherche (CIR). « Près d’1,5 million d’euros aujourd’hui », poursuit le dirigeant.
L’administration fiscale estime que les recherches effectuées par l’entreprise, pourtant récompensée par plusieurs prix du secteur, ne correspondent pas aux critères du dispositif. Antoine conteste. Voilà deux ans qu’il est engagé dans un bras de fer avec Bercy. Aujourd’hui, il envisage de s’installer à l’étranger. « L’insécurité créée autour du crédit d’impôt recherche a mis l’entreprise en danger. Nous ne pouvons pas piloter une industrie stratégique avec des dispositifs publics qui deviennent imprévisibles. Nous regardons donc là où le cadre est stable. »
Les abus du CIR
Les industriels du secteur seraient-ils un tantinet paranoïaques ? « Depuis trois ans, Bercy cherche de l’argent partout, y compris du côté du CIR », lâche un spécialiste de l’intelligence artificielle adaptée à la défense. Selon lui, les contrôles se multiplient auprès des entreprises recourant au crédit d’impôt recherche, avec à la clé des redressements de plus en plus fréquents. Parmi les cas cités, figure une entreprise de cybersécurité redressée à hauteur d’un million d’euros à partir de 2019, malgré plusieurs distinctions régionales en matière d’innovation. De quoi interroger les entreprises de la défense, alors que le secteur est de plus en plus sollicité par l’Etat dans le contexte de réarmement actuel.
« De plus en plus d’entreprises se questionnent sur l’usage du crédit impôt recherche en raison de ses répercussions, notamment des contrôles fiscaux. Il y a souvent des tensions entre ce que l’administration considère comme de l’innovation et de la recherche, et ce que voient les entreprises », estime Pierre Henriet, député (Horizons) de Vendée et co-auteur d’un rapport d’information sur les dispositifs d’évaluation de la recherche et son financement.
Lancé en 1983, le crédit impôt recherche est devenu l’un des dispositifs fiscaux les plus onéreux pour l’Etat – plus de 7 milliards d’euros y sont consacrés chaque année, l’équivalent du budget du ministère de l’Agriculture. Le dispositif peut permettre de recouvrer à 30 % des dépenses en R&D, jusqu’à 100 millions d’euros, et 5 % sur les sommes additionnelles. Une manne jugée indispensable par les industriels, qui est aussi l’objet d’abus. En 2022, les laboratoires de biologie Unilabs ont par exemple passé une convention judiciaire d’intérêt public s’élevant à 13,8 millions d’euros afin de mettre fin à une enquête du Parquet national financier. « Le CIR ne remplit pas pleinement son objectif d’amélioration de la compétitivité et de l’attractivité », écrit dans un rapport publié en septembre 2025 le conseil des prélèvements obligatoires, organisme rattaché à la Cour des comptes. Le crédit y est notamment accusé de créer un « effet d’aubaine au bénéfice des plus grandes entreprises. »
Evolution technologique
Des acteurs de la défense contestent cette logique pour ce qui les concerne. « Dans l’industrie de défense, le CIR n’est pas un effet d’aubaine, mais un levier structurant de décision d’investissement », estime le Gicat, l’association des industries de la défense française. Pour les PME, le recours au CIR est souvent décrit comme vital. « Les fraudeurs peuvent être partout, quelle que soit la taille de l’entreprise. Mais pour les PME, le crédit impôt recherche a un impact direct sur la trésorerie. Il permet de financer rapidement les dépenses en recherche et en innovation », estime un professionnel.
Plusieurs éléments expliquent ce que le secteur perçoit comme un risque accru de contrôles. Parmi eux, la complexité du dossier à remplir pour obtenir le CIR. Toute entreprise doit justifier son besoin de financement dans un document décrivant précisément la démarche scientifique derrière le développement de l’innovation et ce que l’on appelle l’état de l’art. Ce critère doit rassembler toutes les connaissances accessibles en lien avec les activités de recherche et développement du projet. Face à la complexité du dispositif, de nombreuses PME s’appuient désormais sur des cabinets spécialisés pour monter leurs dossiers. « Dans le milieu de la défense, qui commercialise des solutions où la technologie évolue très vite – comme l’intelligence artificielle, par exemple, ou la reconnaissance faciale -, le processus est très chronophage, surtout pour une petite entreprise », commente le dirigeant d’un cabinet spécialisé dans le CIR.
Le terrain contre la théorie
L’administration défend un dispositif nécessairement exigeant. Les critères d’évaluation sont basés sur des standards internationaux – appelés le « manuel de Frascati » – visant à déterminer ce qui tombe ou non sous la qualification de recherche. Les dossiers sont examinés par des chercheurs référencés par l’administration. « Les experts référencés dans la base sont issus exclusivement de la recherche académique afin de prévenir les conflits d’intérêts qui pourraient être dénoncés par les entreprises. Ils sont choisis sur la base de leur expérience et leurs compétences scientifiques avérées, en adéquation avec la mission d’expertise qui leur est confiée », nous indique le ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche. Des éléments jugés indispensables pour éviter les abus, mais que certains industriels considèrent comme trop théoriques pour embrasser les réalités de l’innovation sur le terrain.
« Les dossiers ne sont contrôlés que par des chercheurs théoriques. Il faudrait mixer davantage ce collège d’experts pour avoir un regard plus opérationnel », estime le député d’Indre-et-Loire (Renaissance) Daniel Labaronne. Cela permettrait, selon lui, d’éviter les incompréhensions entre les entreprises et l’administration fiscale. L’élu cite l’exemple, dans sa circonscription, d’une entreprise travaillant dans la sous-traitance aéronautique. « Elle propose une chaîne de production allant de la matière première jusqu’au produit fini, avec l’organisation des tâches robotisées assemblées les unes après les autres. C’est révolutionnaire ! Les critères actuels peinent à reconnaître ce type d’innovations industrielles. Elle n’a pas pu toucher de subvention », estime le député. Pour éviter la multiplication de ces cas, l’élu avait d’ailleurs déposé en ce sens un amendement – rejeté – dans le projet de loi de finances 2024. « Mais le débat existe toujours », pointe-t-il. Il compte évoquer le sujet en marge d’une réunion cette semaine avec Amélie de Montchalin, encore ministre des Comptes publics pour quelques jours.
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Author : Alexandra Saviana
Publish date : 2026-02-14 06:45:00
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